Während einer Fermentation wird kontinuierlich ein sich wiederholender Messzyklus durchlaufen, der in eine Mess- und eine Spülphase unterteilt ist.

In der Spülphase sind das Ein- und das Auslassventil geöffnet und der Messkolben wird mit Luft durchströmt. Die Filter sorgen für sterile Bedingungen im Kolben. Zu Beginn der Messphase werden das Ein- und das Auslassventil des Messkolbens geschlossen. Die anhaltende Atmungsaktivität der Mikroorganismen führt zur Veränderung des Sauerstoff- und Kohlendioxidpartialdruckes im Gasraum des Messkolbens. Aus den Partialdruckänderungen, die mit Hilfe der Sensoren erfasst werden, bestimmt der angeschlossene Rechner die Sauerstoff- und Kohlendioxidtransferrate, respektive den Respirationsquotient. Anschließend werden die Ventile wieder geöffnet und die nächste Spülphase beginnt. Eine spezielle Kalibriertechnik stellt sehr gut reproduzierbare Messungen sicher.